Descripción
The dataset contains detailed sampling data on the mole rats (genus Spalax and Nannospalax) used for phylogenetic analyses.
Registros
Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 64 registros.
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Versiones
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¿Cómo referenciar?
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Rusin M (2024). Blind mole rat (Spalacidae) sampling, used for phylogenetic analyses. Version 1.2. Ukrainian Nature Conservation Group (NGO). Occurrence dataset. https://ukraine.ipt.gbif.no/resource?r=spalaxoccurrenceeateu1&v=1.2
Derechos
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El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Ukrainian Nature Conservation Group (NGO). Esta obra está bajo una licencia Creative Commons de Atribución/Reconocimiento (CC-BY 4.0).
Registro GBIF
Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 368d59c2-8b6e-45a5-9209-ead5a8461614. Ukrainian Nature Conservation Group (NGO) publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Participant Node Managers Committee.
Palabras clave
Occurrence; Spalax; mole rat; rodents; biodiversity; Eastern Europe; Nannospalax; mammals; Observation
Contactos
- Proveedor De Los Metadatos ●
- Originador ●
- Punto De Contacto
https://orcid.org/0000-0003-4349-4795
- Custodio De Los Datos
Cobertura geográfica
The dataset consists of records from Romania, Ukraine and Russia.
| Coordenadas límite | Latitud Mínima Longitud Mínima [43,24, 23,72], Latitud Máxima Longitud Máxima [48,657, 47,49] |
|---|
Cobertura taxonómica
The dataset consists of rodents from genera Spalax and Nannospalax.
| Reino | Animalia |
|---|---|
| Filo | Chordata |
| Class | Mammalia |
| Orden | Rodentia |
| Familia | Spalacidae |
| Género | Spalax, Nannospalax |
Cobertura temporal
| Fecha Inicial / Fecha Final | 2009-05-15 / 2019-04-09 |
|---|
Métodos de muestreo
41 new original samples of seven Spalacidae were collected in Ukraine, Romania and Russia during 2016-2019 years. Additional samples denote material accessible via GenBank (19 samples). Mole rats were collected in the field using hoe technic, gophinator traps or hand-picked (live captured during dispersal above ground or road mortality). Tissue samples were collected in 96% ethanol. DNA isolation and amplification has been performed in the Zonguldak Bülent Ecevit University (Türkiye) and sequencing outsourced in Macrogen (the Netherlands). One mitochondrial gene (full cytochrome b) and one nuclear gene (first exon of IRBP) were obtained for most of the samples. All original nucleotide data uploaded to NCBI GenBank.
| Área de Estudio | The dataset consists of records of small rodents from Spalacidae family made on the territory of Romania, Ukraine and Russia in the period from 2009 to 2019 by author with the help of additional resources. |
|---|---|
| Control de Calidad | All species identified in the field, and with genetic markers. |
Descripción de la metodología paso a paso:
- Surveys for mole rats: detailed results of surveys available at https://www.gbif.org/dataset/5c216d11-fe9a-4953-b9e4-1feb0b8bf788; https://www.gbif.org/dataset/3cc90eba-6de4-4d39-8f9a-8e1770120f10; https://www.gbif.org/dataset/599f4843-f07a-4369-8c53-ae4fb561f5e1.
- Animal trapping.
- Sample storage in ethanol.
- DNA isolation.
- DNA amplification.
- DNA sequencing.
- Uploading original nucleotide sequences to NCBI GenBank.
- Preparing a dataset of samples according to Darwin Core standards.
Referencias bibliográficas
- Rusin, M., Çetintaş, O., Ghazali, M., Sándor, A. D., & Yanchukov, A. (2023). Underworld: Evolution of blind mole rats in Eastern Europe. Preprint.
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- Chişamera G, Bužan EV, Sahlean T, et al (2014) Bukovina blind mole rat Spalax graecus revisited: phylogenetics, morphology, taxonomy, habitat associations and conservation. Mammal Review 44:19–29.
- Stanhope MJ, Czelusniak J, Si JS, et al (1992) A molecular perspective on mammalian evolution from the gene encoding interphotoreceptor retinoid binding protein, with convincing evidence for bat monophyly. Mol Phylogenet Evol 1:148–160. https://doi.org/10.1016/1055-7903(92)90026-d
- Meredith RW, Janečka JE, Gatesy J, et al (2011) Impacts of the Cretaceous Terrestrial Revolution and KPg extinction on mammal diversification. Science 334:521–524. https://doi.org/10.1126/science.1211028
- Fang X, Nevo E, Han L, et al (2014) Genome-wide adaptive complexes to underground stresses in blind mole rats Spalax. Nat Commun 5:3966. https://doi.org/10.1038/ncomms4966
- Steppan SJ, Schenk JJ (2017) Muroid rodent phylogenetics: 900-species tree reveals increasing diversification rates. PLoS One 12:e0183070. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0183070
- Spradling TA, Hafner MS, Demastes JW (2001) Differences in Rate of Cytochrome-b Evolution Among Species of Rodents. J Mammal 82:65–80. https://doi.org/10.1644/1545-1542(2001)082<0065:DIROCB>2.0.CO;2
Metadatos adicionales
| Identificadores alternativos | 368d59c2-8b6e-45a5-9209-ead5a8461614 |
|---|---|
| https://ukraine.ipt.gbif.no/resource?r=spalaxoccurrenceeateu1 |