Blind mole rat (Spalacidae) sampling, used for phylogenetic analyses

Записи данных

Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 64 записей.

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Rusin M (2024). Blind mole rat (Spalacidae) sampling, used for phylogenetic analyses. Version 1.2. Ukrainian Nature Conservation Group (NGO). Occurrence dataset. https://ukraine.ipt.gbif.no/resource?r=spalaxoccurrenceeateu1&v=1.2

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является Ukrainian Nature Conservation Group (NGO). Эта работа находится под лицензией Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0).

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 368d59c2-8b6e-45a5-9209-ead5a8461614.  Ukrainian Nature Conservation Group (NGO) отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Participant Node Managers Committee.

Ключевые слова

Occurrence; Spalax; mole rat; rodents; biodiversity; Eastern Europe; Nannospalax; mammals; Observation

Контакты

Mikhail Rusin

• Metadata Provider ●
• Originator ●
• Point Of Contact

researcher

Kyiv Zoo

UA

ellobius.talpinus@gmail.com

https://orcid.org/0000-0003-4349-4795

Oleksii Marushchak

• Custodian Steward

junior researcher

I. I. Schmalhausen Institute of Zoology NAS of Ukraine

Vul. B. Khmelnytskogo, 15

01030 Kyiv

UA

ecopelobates@gmail.com

+380964882670

https://orcid.org/0000-0001-9380-5593

Географический охват

The dataset consists of records from Romania, Ukraine and Russia.

Таксономический охват

The dataset consists of rodents from genera Spalax and Nannospalax.

Временной охват

Методы сбора

41 new original samples of seven Spalacidae were collected in Ukraine, Romania and Russia during 2016-2019 years. Additional samples denote material accessible via GenBank (19 samples). Mole rats were collected in the field using hoe technic, gophinator traps or hand-picked (live captured during dispersal above ground or road mortality). Tissue samples were collected in 96% ethanol. DNA isolation and amplification has been performed in the Zonguldak Bülent Ecevit University (Türkiye) and sequencing outsourced in Macrogen (the Netherlands). One mitochondrial gene (full cytochrome b) and one nuclear gene (first exon of IRBP) were obtained for most of the samples. All original nucleotide data uploaded to NCBI GenBank.

Описание этапа методики:

1. Surveys for mole rats: detailed results of surveys available at https://www.gbif.org/dataset/5c216d11-fe9a-4953-b9e4-1feb0b8bf788; https://www.gbif.org/dataset/3cc90eba-6de4-4d39-8f9a-8e1770120f10; https://www.gbif.org/dataset/599f4843-f07a-4369-8c53-ae4fb561f5e1.
2. Animal trapping.
3. Sample storage in ethanol.
4. DNA isolation.
5. DNA amplification.
6. DNA sequencing.
7. Uploading original nucleotide sequences to NCBI GenBank.
8. Preparing a dataset of samples according to Darwin Core standards.

Библиографические ссылки

1. Rusin, M., Çetintaş, O., Ghazali, M., Sándor, A. D., & Yanchukov, A. (2023). Underworld: Evolution of blind mole rats in Eastern Europe. Preprint.
2. Németh A, Homonnay ZG, Krízsik V, et al (2013) Old views and new insights: taxonomic revision of the Bukovina blind mole rat, Spalax graecus (Rodentia: Spalacinae). Zoological Journal of the Linnean Society 169:903–914.
3. Chişamera G, Bužan EV, Sahlean T, et al (2014) Bukovina blind mole rat Spalax graecus revisited: phylogenetics, morphology, taxonomy, habitat associations and conservation. Mammal Review 44:19–29.
4. Stanhope MJ, Czelusniak J, Si JS, et al (1992) A molecular perspective on mammalian evolution from the gene encoding interphotoreceptor retinoid binding protein, with convincing evidence for bat monophyly. Mol Phylogenet Evol 1:148–160. https://doi.org/10.1016/1055-7903(92)90026-d
5. Meredith RW, Janečka JE, Gatesy J, et al (2011) Impacts of the Cretaceous Terrestrial Revolution and KPg extinction on mammal diversification. Science 334:521–524. https://doi.org/10.1126/science.1211028
6. Fang X, Nevo E, Han L, et al (2014) Genome-wide adaptive complexes to underground stresses in blind mole rats Spalax. Nat Commun 5:3966. https://doi.org/10.1038/ncomms4966
7. Steppan SJ, Schenk JJ (2017) Muroid rodent phylogenetics: 900-species tree reveals increasing diversification rates. PLoS One 12:e0183070. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0183070
8. Spradling TA, Hafner MS, Demastes JW (2001) Differences in Rate of Cytochrome-b Evolution Among Species of Rodents. J Mammal 82:65–80. https://doi.org/10.1644/1545-1542(2001)082<0065:DIROCB>2.0.CO;2

Дополнительные метаданные