Blind mole rat (Spalacidae) sampling, used for phylogenetic analyses

オカレンス（観察データと標本)
最新バージョン Ukrainian Nature Conservation Group (NGO) により出版 1月 10, 2024 Ukrainian Nature Conservation Group (NGO)
公開日:
2024年1月10日
ライセンス:
CC-BY 4.0

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説明

The dataset contains detailed sampling data on the mole rats (genus Spalax and Nannospalax) used for phylogenetic analyses.

データ レコード

この オカレンス（観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、64 レコードが含まれています。

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バージョン

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引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Rusin M (2024). Blind mole rat (Spalacidae) sampling, used for phylogenetic analyses. Version 1.2. Ukrainian Nature Conservation Group (NGO). Occurrence dataset. https://ukraine.ipt.gbif.no/resource?r=spalaxoccurrenceeateu1&v=1.2

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は Ukrainian Nature Conservation Group (NGO)。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0) License.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: 368d59c2-8b6e-45a5-9209-ead5a8461614が割り当てられています。   Participant Node Managers Committee によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているUkrainian Nature Conservation Group (NGO) が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

Occurrence; Spalax; mole rat; rodents; biodiversity; Eastern Europe; Nannospalax; mammals; Observation

連絡先

Mikhail Rusin
  • メタデータ提供者 ●
  • 最初のデータ採集者 ●
  • 連絡先
researcher
Kyiv Zoo
UA
https://orcid.org/0000-0003-4349-4795
Oleksii Marushchak
  • Custodiansteward(保管者）
junior researcher
I. I. Schmalhausen Institute of Zoology NAS of Ukraine
Vul. B. Khmelnytskogo, 15
01030 Kyiv
UA
+380964882670
https://orcid.org/0000-0001-9380-5593

地理的範囲

The dataset consists of records from Romania, Ukraine and Russia.

座標（緯度経度） 南 西 [43.24, 23.72], 北 東 [48.657, 47.49]

生物分類学的範囲

The dataset consists of rodents from genera Spalax and Nannospalax.

Kingdom Animalia
Phylum Chordata
Class Mammalia
Order Rodentia
Family Spalacidae
Genus Spalax, Nannospalax

時間的範囲

開始日 / 終了日 2009-05-15 / 2019-04-09

収集方法

41 new original samples of seven Spalacidae were collected in Ukraine, Romania and Russia during 2016-2019 years. Additional samples denote material accessible via GenBank (19 samples). Mole rats were collected in the field using hoe technic, gophinator traps or hand-picked (live captured during dispersal above ground or road mortality). Tissue samples were collected in 96% ethanol. DNA isolation and amplification has been performed in the Zonguldak Bülent Ecevit University (Türkiye) and sequencing outsourced in Macrogen (the Netherlands). One mitochondrial gene (full cytochrome b) and one nuclear gene (first exon of IRBP) were obtained for most of the samples. All original nucleotide data uploaded to NCBI GenBank.

Study Extent The dataset consists of records of small rodents from Spalacidae family made on the territory of Romania, Ukraine and Russia in the period from 2009 to 2019 by author with the help of additional resources.
Quality Control All species identified in the field, and with genetic markers.

Method step description:

  1. Surveys for mole rats: detailed results of surveys available at https://www.gbif.org/dataset/5c216d11-fe9a-4953-b9e4-1feb0b8bf788; https://www.gbif.org/dataset/3cc90eba-6de4-4d39-8f9a-8e1770120f10; https://www.gbif.org/dataset/599f4843-f07a-4369-8c53-ae4fb561f5e1.
  2. Animal trapping.
  3. Sample storage in ethanol.
  4. DNA isolation.
  5. DNA amplification.
  6. DNA sequencing.
  7. Uploading original nucleotide sequences to NCBI GenBank.
  8. Preparing a dataset of samples according to Darwin Core standards.

書誌情報の引用

  1. Rusin, M., Çetintaş, O., Ghazali, M., Sándor, A. D., & Yanchukov, A. (2023). Underworld: Evolution of blind mole rats in Eastern Europe. Preprint.
  2. Németh A, Homonnay ZG, Krízsik V, et al (2013) Old views and new insights: taxonomic revision of the Bukovina blind mole rat, Spalax graecus (Rodentia: Spalacinae). Zoological Journal of the Linnean Society 169:903–914.
  3. Chişamera G, Bužan EV, Sahlean T, et al (2014) Bukovina blind mole rat Spalax graecus revisited: phylogenetics, morphology, taxonomy, habitat associations and conservation. Mammal Review 44:19–29.
  4. Stanhope MJ, Czelusniak J, Si JS, et al (1992) A molecular perspective on mammalian evolution from the gene encoding interphotoreceptor retinoid binding protein, with convincing evidence for bat monophyly. Mol Phylogenet Evol 1:148–160. https://doi.org/10.1016/1055-7903(92)90026-d
  5. Meredith RW, Janečka JE, Gatesy J, et al (2011) Impacts of the Cretaceous Terrestrial Revolution and KPg extinction on mammal diversification. Science 334:521–524. https://doi.org/10.1126/science.1211028
  6. Fang X, Nevo E, Han L, et al (2014) Genome-wide adaptive complexes to underground stresses in blind mole rats Spalax. Nat Commun 5:3966. https://doi.org/10.1038/ncomms4966
  7. Steppan SJ, Schenk JJ (2017) Muroid rodent phylogenetics: 900-species tree reveals increasing diversification rates. PLoS One 12:e0183070. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0183070
  8. Spradling TA, Hafner MS, Demastes JW (2001) Differences in Rate of Cytochrome-b Evolution Among Species of Rodents. J Mammal 82:65–80. https://doi.org/10.1644/1545-1542(2001)082<0065:DIROCB>2.0.CO;2

追加のメタデータ

代替識別子 368d59c2-8b6e-45a5-9209-ead5a8461614
https://ukraine.ipt.gbif.no/resource?r=spalaxoccurrenceeateu1